القصة تتحدث عن النينجا المراهق “ناروتو أوزوماكي” الذي وجد نفسه منبوذًا من قبل سكان قريته بسبب الكيوبي الذي بداخله، لذلك وضع نصب عينيه أن ينال لقب الهوكاجي وهو اللقب الذي يُطلق على قائد القرية وأقوى نينجا فيها، لينال احترام واعتراف الجميع.